A szőrzet színét a két fő pigment, az eumelanin és a feomelanin termelése befolyásolja. A legtöbb emlősben az eumelanin szintézisét két kulcsfontosságú gén, az MC1R (E lókusz) és az ASIP (A lókusz) szabályozza. A háziasított kutyákban egy harmadik gén, a CBD103 (K lókusz) is fontos szerepet játszik. Számos más gént is azonosítottak a kutyák szőrszínével kapcsolatban. A szín öröklődésében a szőrzet színében szerepet játszó legfontosabb gének hierarchiáját és kölcsönhatásait ismertetjük. Az E-lókusz (MC1R): Ez a gén szabályozza, hogy a kutya termelhet-e eumelanint. Ha két kópia recesszív "e" változatban van jelen, a kutya csak feomelanint termel, ami sárga/vörös színezetet eredményez. Az A-lókusz (ASIP): Ha az E-lókusz lehetővé teszi, az A-lókusz szabályozza az eumelanin és a feomelanin közötti váltakozást. A K-lókusz (CBD103): Ez a gén felülbírálja az A-lókuszt: a domináns "KB" változat teljesen fekete bundát ad. Gyakori színkódok: EE vagy Ee: eumelanin-termelés lehetséges ee: csak feomelanin (sárga/vörös) KB: domináns fekete ky: "nem domináns", így az A-lókusz érvényesül aw: vaddisznó mintázat (aguti) at: tan points (fekete alapon vörösesbarna jegyek) a: recesszív fekete Sok fajta esetén a D-lókusz (hígítás) is fontos: DD vagy Dd: normál szín dd: hígított (pl. kék/szürke) S-lókusz (fehér foltok): S: egyszínű sp: piebald (fehér foltok) sw: teljesen fehér szőrzet si: ír foltok, apró fehér foltok, amelyek gyakran fehér gallért vagy hasat alkotnak.